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    云序再推RNA修饰重磅新品:m6Am甲基化测序!
    日期:2021年09月03日    来源:
    迄今为止,已有160多种RNA修饰被发现,真核生物中除了最常见的m6A修饰以外,科学家也发现了一种位于真核生物mRNA 5‘帽端的RNA可逆修饰m6Am,即在 m6A 修饰的基础上,同一个腺苷酸残基的核糖的 2’ 羟基也被甲基化,产生 2’ 甲氧基结构(2’-O-CH3)。研究发现m6Am修饰在50-80%的哺乳动物中都存在,并在细胞生命过程中通过影响mRNA的蛋白翻译效率发挥重要作用。
    目前已有多篇m6Am文章在高分期刊进行了报道(如表1),2017年《Nature》上发表了一篇m6Am在5‘端修饰影响mRNA稳定性的文章,说明了m6Am在mRNA修饰在生命过程中的重要作用。但针对m6Am修饰的研究仍有很大空缺,云序基于m6Am在mRNA上帽端修饰的特点开发出了m6Am-exo-seq技术,可高效准确的鉴定m6Am的修饰位点及修饰水平,为想要研究m6Am RNA修饰的客户提供坚实的技术基础!


    表1:m6Am修饰已发表文章
    m6Am修饰已发表文章


    m6Am-exo-seq研究技术

    A. 技术原理
    首先将RNA样品片段化为200nt左右的片段,利用5‘外切酶消化不包括帽子结构的RNA片段,使具有帽子结构的RNA片段富集。然后对富集的RNA片段进行m6A抗体的免疫沉淀反应,从而富集发生m6Am修饰的RNA片段。对IP富集的产物进行PCR扩增及纯化,纯化后进行文库质检,之后上机测序。根据测序结果分析m6Am甲基化富集峰情况。

    B.m6Am-exo-seq流程
    m6Am-exo-seq流程图
    图1:m6Am-exo-seq流程图

    C.m6Am-exo-seq质控
    1. RNA定量质控
    使用 NanoDrop ND-1000 仪(Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA)测量每个样品 的RNA浓度。以OD260/OD280值作为RNA纯度指标。使用变性琼脂糖凝胶电泳测量 RNA 完整性和 gDNA 污染。

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    2. 文库2100质控
    通过Agilent生物分析仪对测序文库进行质控。
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    3. 测序Q30质控
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    4. 测序Read统计
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    D. m6Am甲基化测序数据展示
    1. 甲基化位点识别
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    chr:甲基化位点(峰)所在的染色体号
    Start:甲基化位点(峰)在基因组上的起始坐标
    End:甲基化位点(峰)在基因组上的终止坐标
    Peak ID:甲基化位点的编号
    Score:甲基化位点的得分
    PeakLenght:甲基化位点的长度
    fold_enrichment:富集倍数
    FDR:甲基化位点的 FDR
    2. 差异甲基化位点识别
    图片9.png
    chr:甲基化位点(峰)所在的染色体号
    Start:甲基化位点(峰)在基因组上的起始坐标
    End:甲基化位点(峰)在基因组上的终止坐标
    Peak ID:甲基化位点的编号
    Score:甲基化位点的得分
    PeakLenght:甲基化位点的长度
    Foldchange:差异甲基化位点差异倍数
    FDR:甲基化位点的 FDR
    3. 差异甲基化基因GO分析
    top 10显著富集的GO条目
    top 10显著富集的GO条目
    4. 差异甲基化基因KEGG分析
    富集的KEGG通路
    富集的KEGG通路

    E.m6Am-exo-seq样品要求
    RNA: > 30-300 ug
    血浆:> 5 mL
    细胞:> 2 x 107
    组织:> 100 mg
    其他样品类型咨询021-64878766当地销售

    m6Am测序文章解读

    题目:PCIF1催化m6Am mRNA甲基化调控基因表达
    发表期刊:Molecular Cell
    影响因子:17.97
    文章链接:PCIF1 catalyzes m6Am mRNA methylation to regulate gene expression
    mRNA修饰在调控基因表达中起着重要作用。其中m6Am是RNA修饰中一种丰度的修饰类型。本文中作者证明m6Am是由磷酸化的CTD作用因子1(PCIF1)介导的较为保守的mRNA修饰,它催化位于mRNA 5'端的RNA发生m6Am修饰。此外,PCIF1在体外和体内只催化5 端' m6Am的甲基化,而不催化m6A的内部甲基化。为了研究m6Am的生物学作用,作者利用m6Am-exo-seq表现了其转录组范围内的m6Am修饰情况,结果发现m6Am不会改变mRNA的转录或稳定性,但会对甲基化mRNA的帽依赖性翻译产生负面影响。因此本文鉴定了唯一的人类m6Am mRNA甲基转移酶PCIF1,并证明了PCIF1介导的m6Am mRNA甲基化的基因调控机制。
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    云序生物RNA修饰服务优势
    优势一:发表10分以上文章最多的RNA修饰测序服务平台。云序已累计支持客户发表53+篇高水平文章,合计影响因子460+分,是国内支持发文最多、累计影响因子最高的公司。
    优势二:至今完成4000+例RNA修饰测序样本,全面覆盖医口、农口等各类样本。
    优势三:全面检测mRNA和各类非编码RNA(circRNA,lncRNA,Pri-miRNA等)。
    优势四:独家提供RNA修饰一站式服务:RNA修饰整体水平检测RNA修饰测序、MeRIP-qPCR验证、RIPRNA pull-down等。
    优势五:率先研发微量MeRIP测序技术,RNA量低至500ng起。
    优势六:国内最全的RNA修饰测序平台,提供m6A、m6Am、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、ac4C乙酰化和2'-O-甲基化测序。

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