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    環狀RNA研究
    環狀RNA pull down
    日期:2018年06月08日    來源:
    技術簡介
    用體外轉錄法標記生物素RNA探針,然后與胞漿蛋白提取液孵育,形成RNA-蛋白質復合物。該復合物可與鏈霉親和素標記的磁珠結合,從而與孵育液中的其他成分分離。復合物洗脫后,通過Western Blot檢測特定的RNA結合蛋白是否與RNA相互作用,質譜實驗檢測特定的RNA結合蛋白鑒定蛋白質類型。

    NA pull down實驗流程


     云序RNA pull down實驗流程

    云序優勢
    低豐度富集:
    富集檢測低豐度目的蛋白-RNA復合物
    具有成熟蛋白質組學平臺:
    提供RNApull-down 產物WesternBlot及質譜鑒定。
    專業的生信信息分析:
    提供SCI發表級別的圖表。
    樣本要求
    樣品類型:
    細胞、組織或IP后的RNA,其它樣品信息請詳詢
    樣品量:
    a)細胞:5×108
    b)組織:500 mg
    c)IP后的RNA >1 μg
    樣品運輸與保存:
    樣品運輸:樣品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰運輸。
    樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊液氮凍存后-80℃保存。
    案例解析
    案例 1. RNA pull down檢測lncRNA與蛋白質相互作用 
    近年來,大量的研究表明長鏈非編碼RNA(LncRNA)與多種ai癥的發生息息相關,這篇文章中作者研究了在非小細胞肺ai(NSCLCs)中起重要調控作用的lncRNA-linc00630。作者通過RNA pull down等實驗發現,linc00630主要通過結合組蛋白去乙?;窱(HDAC1)以及DEAD-box解旋酶23(DDX23)來發揮其功能機制。

    長鏈非編碼RNA-Linc00630表達驗證及功能表征


    圖1. 長鏈非編碼RNA-Linc00630表達驗證及功能表征

    案例2. RNA pull down檢測circRNA與蛋白質相互作用
    環狀RNA是近年來受到關注一類非編碼RNA,目前主要認為環狀RNA通過miRNA海綿機制調控基因表達,但是對于其更全 面的分子功能知之甚少。這篇文章中作者發現在不同ai細胞中circ-Foxo3持續少量表達,而在ai細胞凋亡的過程中,circ-Foxo3表達量明顯增加。circ-Foxo3可以促進MDM2介導p53進入泛素化途徑降解,使p53含量下降,同時circ-Foxo3又可以通過阻止MDM2介導Foxo3泛素化而提高Foxo3的表達量。

    circ-Foxo3ai細胞中表達情況


    圖2. circ-Foxo3ai細胞中表達情況

    9tLCvKh4QeNRCIi/R+3CrYg+oI4b0q944OBNIdkpjVTavFIZrq2CmTUkIJoWRp1uVsMk8Hn8Wdn5b0MuEO7a6pgGncX7FtCBgJd9OHHS4+lDYJhlx/0RUO3DmHEYnB4KsDh9+kjgsYs=