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    m1A RNA甲基化測序
    m1A全轉錄組測序

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    技術簡介
    m1A RNA甲基化是一類新發現的RNA甲基化,即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修飾。研究表明,m1A是真核生物tRNA和rRNA豐度很高的一種轉錄后修飾,近期研究也表明m1A修飾可調控mRNA翻譯。m1A修飾作為一類新型RNA甲基化,其功能和機制都亟待挖掘。
    與m6A RNA檢測方式一致,針對m1A修飾也采用MeRIP-seq技術,抗體富集的技術原理如下:將m1A RNA甲基化特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進行共孵育,抓取有甲基化修飾的片段進行測序;同時需要平行測序一個對照(Input)樣本,對照樣本為未進行IP反應的RAN片段,對照樣本用于消除非特異性抓取甲基化片段的背景。

    m1A RNA-seq實驗流程

    云序生物m1A RNA-seq實驗流程

    產品列表
    云序生物產品列表
    云序優勢
    技術優勢:
    可單堿基分辨率檢測m1A甲基化修飾。
    特異性高:
    m1A RNA-seq采用商業化m1A抗體,可特異性富集m1A修飾片段。
    一站式服務:
    客戶只需提供細胞、組織、體液或總RNA,云序生物為您完成從m1A RNA-seq富集、文庫制備、上機測序到數據分析的整套服務流程。
    專業的生物信息學分析:
    云序生物具有強大的生物信息學團隊,能夠滿足客戶的各類深入數據分析要求。
    樣本要求
    樣品類型:
    組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。
    樣品量:

    細胞: > 1×108
    組織: > 5 g 
    總RNA:> 300 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;無明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無明顯彌散或拖尾 28S:18S≥1.5或者RIN≥7)

    樣品運輸及保存:
    樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
    樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成5-10 mg的小塊),可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后,-80℃保存,RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,樣品保存期間避免反復凍融。
    數據分析(下列有※表示個性化分析)
    1、RNA甲基化富集峰分布圖


    RNA甲基化富集峰分布圖


    2、RNA甲基化位點motif分析
    RNA甲基化位點motif分析
    3、RNA甲基化富集峰可視化圖
    RNA甲基化富集峰可視化圖


    4、差異甲基化區的GO和KEGG信號通路分析
    差異甲基化區的GO和KEGG信號通路分析


    案例解析

    案例1:真核生物mRNAm1A的動態修飾研究

    原文:The dynamic N1-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA

    期刊:Nature 影響因子:41.456
    芝加哥大學等處的科學家在國際雜志Nature上發表的一項研究論文,該研究通過m1A RNA甲基化測序技術在真核生物mRNA中對m1A甲基化作用進行全 面的分析,揭示了m1A修飾可以明顯增強基因向蛋白質的表達過程。并且m1A修飾具有進化保守性,在人類、嚙齒類動物及酵母中普遍存在。

              m1A RNA甲基化測序流程
                                            圖1. m1A RNA甲基化測序流程
    案例2:細胞核和線粒體編碼的轉錄本的m1A甲基化修飾
    原文:Base-Resolution Mapping Reveals Distinct m1A Methylome in Nuclear- and Mitochondrial-Encoded Transcripts
    期刊:Molecular Cell 影響因子:15.59
    本研究通過單堿基分辨率方法“m1A-MAP”鑒定了細胞核和線粒體中m1A甲基化修飾位點。結果發現大多數m1A甲基化修飾富集在mRNA的5’UTR,小部分符合“GUUCRA”基序的m1A位點由一個已知的甲基化酶復合物TRMT6/61A修飾。此外,線粒體編碼的轉錄本中也有大量的m1A甲基化修飾。該研究還表明,位于5’UTR區,尤其是轉錄本第 一和第二位上的m1A可促進mRNA翻譯,而位于編碼區的m1A可抑 制翻譯作用。因此,m1A測序不僅揭示了核編碼和線粒體編碼的轉錄本上不同類型的m1A甲基化修飾,還為進一步m1A甲基化功能驗證提供了重要工具。

    人轉錄組的m1A RNA修飾分布及對翻譯效率的影響
    圖2. 人轉錄組的m1A RNA修飾分布及對翻譯效率的影響
    m1A甲基化位點motif分析
    圖3. m1A甲基化位點motif分析
    案例3:細胞核和線粒體編碼的轉錄本的m1A甲基化修飾-Base-Resolution
    期刊:Molecular Cell 影響因子:13.84
    本研究通過單堿基分辨率方法的m1A RNA甲基化測序技術鑒定了細胞核和線粒體中m1A 甲基化修飾位點。結果發現大多數m1A甲基化修飾富集在mRNA5UTR,小部分符合“GUUCRA”基序的m1A 位點由一個已知的甲基化酶復合物TRMT6/61A 修飾。此外,線粒體編碼的轉錄本中也有大量的m1A 甲基化修飾。該研究還表明,位于5UTR 區,尤其是轉錄本第 一和第二位上的m1A 可促進mRNA 翻譯,而位于編碼區的m1A 可抑 制翻譯作用。因此,m1A 測序不僅揭示了核編碼和線粒體編碼的轉錄本上不同類型的m1A 甲基化修飾,還為進一步m1A 甲基化功能驗證提供了重要工具。
                 m1A-MAP揭示核編碼和線粒體編碼轉錄本上不同類型的m1A甲基化組
                圖4.m1A-MAP揭示核編碼和線粒體編碼轉錄本上不同類型的m1A甲基化組
     

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